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根據《省級預算管理綜合考評暫行辦法》（財預﹝2012﹞1786號），省財政廳對省級預算部門預算管理工作進行了綜合考評，省科技廳被評為“2016年度省級預算管理綜合考評優秀單位”，受到省財政廳通報表彰。
一、 突出“規范”，抓制度建設
一是加強科技計劃資金管理。配合省財政廳研究制定了《關于改革完善省級財政科研項目資金管理等政策的實施意見》、出臺了《安徽省科技重大專項資金管理辦法》、《安徽省重點研究與開發計劃資金管理辦法》、《安徽省自然科學基金資助項目資金管理辦法》三個專項資金管理辦法，規范了科技計劃經費管理。
二是加強內部資金管理。起草《省科技廳內部審計制度》，印發《關于調整省科技廳差旅費管理暫行辦法有關規定的通知》和《省科技廳內部控制建設實施方案（試行）》，并將相關制度編印成冊，做到人手一本，用制度規范工作。
二、突出“整合”，抓預算編制
一是夯實預算編制和預算辦理基礎。及時組織廳直屬預算單位編報部門預算基礎信息，核實機構性質、級別、編制等，核對人員信息和更新津補貼信息等。
二是整合項目支出。貫徹國家和省有關文件精神，根據科技活動特點和科技計劃管理改革要求，加強科技項目和資金配置的統籌協調，將省級科技計劃整合為創新型省份建設專項、自然科學基金、科技重大專項、重大研究與開發和人才專項、創新環境建設專項六大類，明確各類科技計劃的功能定位、目標，實行財政資金差異化扶持。2016年預算將原來28個項目整合為16個項目，壓縮42.86%。
三是統籌參加評審。按照省財政廳關于省級預算公開評審論證的相關要求，組織各有關處室共同做好“對外科技合作發展”和“技術轉移示范”兩個項目支出預算和省科技廳部門整體預算的評審匯報材料的起草、修改和匯報工作，取得評審專家較高評價。
四是爭取加大對科技創新工作的投入。在預算一上、二上編制環節，多方式、多渠道向省政府匯報，并積極與省財政溝通協調，2017年科技計劃項目資金增加21785萬元，較上年增長約17%，增加的經費主要用于創新人才引進、高新技術企業培育，以及科技創新政策兌現和專利政策補助等。
五是提高年初預算細化到位率。2016年科技廳部門科技項目存量經費（含專利，不含教育）90%細化到項目，編入年初預算中。
六是依規盤活財政存量資金。及時對歷年財政存量資金（不含國庫指標結轉）情況進行梳理，做好存量資金盤活分配和合理使用以及上交國庫等工作。
三、強化“績效”，抓預算執行
一是批復預算并公開。及時批復各二級預算單位，督促各單位和機關有關業務處室結合年度工作，科學合理地安排支出計劃，切實提高財政資金使用效益；同時按照政務公開相關要求，依規定的時間、內容、格式在廳網站公開部門預算及“三公”經費預算情況。
二是硬化預算約束。要求各單位嚴格按照批復的預算科目、項目、數額執行預算，不得隨意調整預算。對預算執行中因政策變化確需調整的項目，均按照規定程序報省財政廳批準后執行。
三是上報地方預算資料。梳理近幾年安徽省出臺的加大科技投入、推動科技創新的政策文件，進一步分析安徽省科技經費管理成效及存在問題，向科技部報送了《2016年地方財政科技投入情況統計表》和《地方科技經費管理情況報告》。
四是加快預算執行。2016年預算14.86億元，實際執行14.66億元（含轉移市縣執行預算等），預算執行率98.65%，比上年增加0.19個百分點。
五是加強績效評價。通過制定工作方案、確定個性評價指標、開展績效運行進行跟蹤等工作，認真組織了4個項目績效自評工作，并積極應用績效評價結果，進一步完善項目管理制度，規范項目資金管理，提升項目產出績效。